Trường THCS Phùng Xá được thành lập năm 1959. Đến ngày 01 tháng 9 năm 1992, trường Phổ thông cở sở Phùng Xá được tách làm hai trường đó là THCS Phùng Xá và trường Tiểu học Phùng Xá.

Trường THCS Phùng Xá nằm ở thôn Thượng, là khu trung tâm của xã. Diện tích của trường là 10179 m². Đường đi thuận tiện cho học sinh ở các thôn đến học tại trường. Nhiệm vụ chính của nhà trường là: Tổ chức giảng dạy, học tập và các hoạt động giáo dục khác theo mục tiêu, chương trình giáo dục phổ thông dành cho cấp THCS do Bộ trư­ởng Bộ Giáo dục và Đào tạo ban hành.

Trong những năm qua, nhà trường đã triển khai tốt cuộc vận động: “Học tập và làm theo tấm gương đạo đức Hồ Chí Minh”, cuộc vận động “Hai không”, “Xây dựng trường học thân thiện, học sinh tích cực” và các cuộc vận động khác.

Nhà trường thực hiện thường xuyên các hoạt động giáo dục chính trị tư tưởng, giáo dục đạo đức lối sống cho cán bộ, giáo viên, nhân viên và học sinh trong các năm học.

Nhà trường đã thực hiện đổi mới chương trình, nội dung phương pháp giáo dục, đẩy mạnh giáo dục toàn diện, ứng dụng công nghệ thông tin trong dạy và học, tổ chức tập huấn bồi dưỡng phương pháp  cho 100% cán bộ, giáo viên.

Nhà trường đã chỉ đạo giáo viên học tập và  đổi mới phương pháp dạy học, đổi mới đánh giá học sinh, sử dụng thiết bị dạy học và ứng dụng công nghệ thông tin. Hiệu trưởng, Phó Hiệu trưởng nhà trường đã tích cực tự học, tự bồi dưỡng và tham gia đầy đủ các lớp tập huấn do Sở GD&ĐT Hà Nội, Phòng GD&ĐT huyện Mỹ Đức tổ chức. Ban giám hiệu nhà trường đã tích cực đổi mới tư duy quản lý giáo dục trước yêu cầu đổi mới sự nghiệp giáo dục, đổi mới công tác kiểm tra, thanh tra.